گام اولیه در انجام پایان نامه شیمی انتخاب موضوع می باشد. موضوع پایان نامه باید مرتبط با گرایشی باشد که  دانشجو در آن در حال تحصیل است. موضوع را می توان با تحقیق، مطالعه و براساس میزان علاقه مندی، توانایی و ابزار در دسترس در انجام آن و کمک از اساتید راهنما و مشاور انتخاب نمود. باید تمام جوانب کار از جمله کاربردی بودن موضوع پایان نامه از قبل سنجیده شود. از دیگر مسائل مهم در انجام پایان نامه شیمی دسترسی به مواد شیمیایی و آزمایشگاه های مورد نیاز می باشد که دانشجو باید در مورد آن به خوبی از قبل تحقیق نموده تا در زمان انجام آن با کمبود و یا مشکلی روبرو نگردد.